Les milieux naturels sont communément répartis en trois grands ensembles : les milieux marins, les milieux terrestres et les milieux aquatiques. Les milieux humides sont des milieux intermédiaires entre terre, eau et mer. Ils sont répertoriés dans les milieux aquatiques compte tenu de l’importance du rôle joué par l’eau dans leurs caractéristiques.

Les milieux aquatiques sont des espaces intimement liés à l’eau, principalement douce (exemples : cours d’eau, lacs, etc.) mais qui peuvent être salés ou saumâtres lorsqu’ils se situent à proximité du littoral (exemples : estuaires, marais littoraux, mangroves, étangs littoraux etc.). 

Cette eau peut être courante, stagnante ou souterraine, sa présence peut être permanente ou temporaire au cours des saisons ou des années. Les milieux littoraux sont des milieux aquatiques particuliers, situés à l’interface entre la mer et la terre. Le littoral peut prendre diverses formes : côtes rocheuses, falaises, plages, dunes. Il s’y développe des milieux naturels variés comme des mangroves ou des herbiers souvent en relation étroite avec le milieu marin. Les embouchures des cours d’eau, estuaires ou deltas, sont des espaces particulièrement complexes dans leur fonctionnement et riches en matière de biodiversité, à l’interface entre eau douce et eau salée. 

Les milieux aquatiques regroupent donc des mosaïques de milieux forgés par les dynamiques des écoulements d’eau. Ils hébergent une biodiversité importante et remplissent de nombreuses fonctionnalités. 

L’échelle de gestion de ces milieux peut être double : 

• celle du bassin versant est utilisée pour les cours d’eau : un bassin versant correspond à l'ensemble d'un territoire drainé par un cours d'eau et ses affluents. Son contour est délimité par des frontières naturelles, les crêtes des sommets encore appelées ligne de partage des eaux, qui déterminent les directions d'écoulement des eaux de pluie vers un cours d’eau ;
  

  

• celle de la cellule hydro-sédimentaire est utilisée pour le littoral. Sa délimitation est plus délicate, mais elle permet d’identifier des secteurs de littoral qui sont indépendants en matière de transport de sédiments. Les limites de ces secteurs littoraux peuvent être rigides comme des caps, jetées ou digues, ou malléables : des dunes par exemple.
  

  

Ces deux échelles peuvent être considérées conjointement sur certains aspects, comme la qualité des eaux et des sédiments arrivant en mer. Leur gestion gagne donc à être intégrée et concertée.

Les milieux aquatiques sont au cœur du grand cycle de l’eau, c’est-à-dire des échanges d’eau entre les différents compartiments de l'écosystème, comme présenté dans le schéma ci-après.

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